В 1940 году на карте научных учреждений Беларуси появилось новое важное звено — Государственная научная медицинская библиотека (ГНМБ) при Минском медицинском институте (ММИ). 10 марта 1940 года приказом директора института Ф.Я. Шульца её первым руководителем был назначен И.Б. Симановский. Этот день стал отправной точкой истории нашей библиотеки.
Весной 1940 года о её создании сообщила газета «Звязда». Первые 5000 книг поступили из Всесоюзной государственной медицинской библиотеки, включая редкие зарубежные издания. Уже к концу года фонд вырос до 15 000 экземпляров, а межбиблиотечный абонемент обеспечивал литературу 56 медицинским учреждениям по всей республике. Но все планы прервала война.
С началом Великой Отечественной войны библиотека, как и многие учреждения, оказалась в эпицентре разрушений. Из библиотек Беларуси было вывезено, уничтожено и сожжено более 10 миллионов книг. Множество медицинских изданий исчезли в Германии, а личные собрания врачей и учёных сгорели в огне войны.
Но даже в это мрачное время началась работа по спасению книжного наследия. Уже в 1942 году в Москве формировался специальный фонд для будущего восстановления библиотек Беларуси. Книги собирали из государственных резервов, частных коллекций, библиотек СССР, а также через систему шефства. Началась разработка программ по поиску и возвращению похищенной литературы.
После освобождения Беларуси в 1944 году началась новая глава — восстановление утраченного. Сотрудники и администрация библиотеки искали уцелевшие книги в Минске и организовывали поставки литературы из Москвы, Ленинграда, других городов союзных республик. Среди меценатов были известные профессора-медики, передавшие в фонд библиотеки свои личные коллекции.
Благодаря усилиям Наркомздрава БССР в 1944 году в республику вернулась библиотека Могилёвской фельдшерско-акушерской школы, вывезенная фашистами. Минский медицинский институт, возобновивший работу в 1943 году в Ярославле, начал активное пополнение своего библиотечного фонда.
В августе 1944 года директором библиотеки была назначена С.Ф.Сергеева. Всесторонне образованная, в совершенстве владевшая несколькими иностранными языками, знающая русскую и зарубежную литературу, она умела ценить и понимать книгу. Совместно с профессорами ММИ С.Ф.Сергеева решала проблемы приобретения книг, организации работы библиотеки.
До конца 1947 года главной целью деятельности ГНМБ было восстановление фондов и создание справочно-поискового аппарата.
Шаг за шагом библиотека вновь становилась центром медицинской науки в Беларуси.
